马克思主义学院办学历史悠久，最早可以追溯至1959年昌吉师范学校建校时开设的政教专业，2015年10月正式更名为马克思主义学院。学院师资力量雄厚，现有教师95人，其中教授4人，副教授16人，讲师21人；其中博士研究生（含在读博士）12人，硕士研究生73人。学院聘任客座教授5人、银龄教师1人、柔性援疆专家人才1人。主要从事马克思主义发展史、马克思主义理论与思想政治教育、中共党史、边疆安全与稳定等研究，并承担全校专、本、硕思想政治理论课教育教学任务。近五年，马克思主义学院已获得国家社科基金项目3项，省部级项目8项，发表论文近80篇，其中核心期刊10余篇。学院还定期聘请新疆社会科学院、山东大学等知名高校科研院所专家为兼任教师，形成了专兼职结合、年龄结构合理、学历职称优良的师资队伍。
学院现设有习近平葡京国际平台：中国特色社会主义思想概论、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、思想道德与法治、马克思主义基本原理、中国近现代史纲要、形势与政策、简明新疆地方史教程、思想政治教育专业8个教研室，现有思想政治教育1个本科专业，目前在读本科生686人，2023年新增硕士研究生学科教学（思政）专业方向。
学院获批第二批自治区党建工作样板支部、“双带头人”教师党支部书记工作室、自治区级名师工作室，通过抓党建工作来引领人才培养、学科建设、专业建设等各项工作的高质量发展，充分发挥了马克思主义理论思想引领作用与社会服务功能。学院还探索构建了以思政课教师为主导，以学生为主体的校内校外、课内课外、线上线下的大思政立体化育人体系，强化“三全育人”实效，努力为学校建设成为具有区域特色的新疆一流应用型大学、为促进新疆经济社会文化教育高质量发展做出贡献。