昌吉学院体育与健康学院创建于1972年原昌吉师范学校体育教研组，1985年更名为昌吉师范高等专科学校体育教研室，1996年组建体育系，2001随着学校升格为本科院校成立昌吉学院体育系，2022年成立二级学院更名为体育与健康学院，目前有体育教育、社会体育指导与管理、体育旅游三个本科专业，一个体育保健与康复专科专业。有一个体育研究所。

体育与健康学院师资力量雄厚，目前有54名教职工，其中教授4名，副教授9名，讲师16名，博士1名，硕士研究生41名。师资队伍中学缘结构合理，主要毕业于北京体育大学、西安体育学院、吉林体育学院等专业院校和首都师范大学、华东师范大学、西北师范大学等综合性大学。教师爱岗敬业，乐于奉献。

体育与健康学院是一个勇于拼搏，团结向上的集体，现有在读全日制本专科生1869人，体育与健康学院还承担昌吉州体育骨干教师培训任务。为新疆培养了一大批德才兼备的高素质体育人才，毕业生遍布全国，许多人在体育教育、体育科研、体育管理、运动训练的工作岗位和其他行业都取得了优异的工作成绩。

承优良传统，载多年积淀。在新的历时发展时期，体育与健康学院秉承“惟德惟才，笃学笃行”校训精神，落实立德树人的根本任务，坚持以培养高素质人才为中心，进一步发挥自身办学优势，全面提高教学质量，努力把体育与健康学院建成具有鲜明特色、服务地方经济建设的学院。